MÉTHOTREXATE DI

Yapısal biyoloji,biyolojininözellikleamino asitlerdenyapılmış olanproteinler,nükleotitlerdenyapılmışRNAveDNAgibinükleik asitlervelipitlerdenoluşmuşmembranlarolmak üzere biyolojikmakromoleküllerinyapılarını ve uzamsal dizilişlerini inceleyen bir dalıdır.Yapısal biyoloji asıl olarakbiyofizikyöntemleri ile makromoleküllerinatomdüzeyinde üç boyutlu yapılarının belirlenmesi, yapısal değişikliklerinin temel prensipleri, moleküler hareketlerin analizi ve bu yapıların dinamiği ile ilgilenir.‍‍‍‍‍‍​​​‍​​​​​​ Makromoleküllerhücrelerinhemen hemen tüm işlevlerini yerine getirir ve bunu da yapabilmek için belirli üç boyutlu şekillere girerler. Moleküllerin "üçüncül yapı"sı olarak adlandırılan bu yapılar her molekülün temel bileşimi ya da "birincil yapı"ları ile karmaşık bir şekilde bağlantılıdır. Biyomolekülleren gelişmiş ışıkmikroskoplarıile bile detaylı olarak görülemeyecek kadar küçüktür. Yapısal biyologların biyomoleküllerin yapısını belirlemek için kullandığı yöntemler genellikle çok sayıda özdeş molekülün aynı anda ölçülmesini içerir. Bu yöntemler arasındakütle spektrometrisi,makromoleküler kristalografi,nötron kırınımı,proteoliz,biyomoleküler nükleer manyetik rezonans spektroskopisi(NMR),elektron paramanyetik rezonans(EPR),kriyo-elektron mikroskobu,elektron kristalografisivemikrokristal elektron kırınımı,çok açılı ışık saçınımı,biyolojik küçük açılı saçınım,ultra hızlı lazer spektroskopisi,ikili polarizasyon interferometresivedairesel dikroizmsayılabilir. Çoğunlukla araştırmacılar bu yöntemleri makromoleküllerin "doğal durum"larını incelemek için kullanırlar. Ama aynı zamanda bu yöntemlerin bazı varyasyonları açığa çıkmış ya dadenatüremoleküllerin doğarl durumlarına gelmesini izlemek için de kullanılır. Yapısal biyologların moleküler yapıları anlamak için kullandıkları bir başka yöntem de belirli şekillerin ortaya çıkmasına neden olan çeşitlidizilimlerinarasında modelleri aramak için kullanılanbiyoenformatiktir. Araştırmacılar sıklıklahidrofobisite analiziile tahmin edilenmembran topolojisitemel alınarakintegral membran proteinlerininyapısal özelliklerini çıkarabilirler. Son yıllarda biyolojik yapılarınin silicoaraştırmalarını tamamlayacak oldukça hassas fizikselmoleküler modellerde mümkün olabilmiştir ve bu modellere örneklerProtein Veri Bankası'nda bulunabilir. Proteinlerin yapılarını, şekil değiştirmelerini ve işlevlerini araştırmak için ampirik yapı belirleme yöntemlerinin yanı sıramoleküler dinamiksimülasyonları gibi işlemsel teknikler de kullanılabilmektedir. Yapısal biyoloji araştırmalarının sonuçlarından sıklıklailaçgeliştirme projelerinde yararlanılır. Bir ilacın hedefi üzerindeki etkisinin moleküler ve yapısal olarak anlaşılması ve bunun görselleştirilmesi aktif moleküllerin tasarımını ve iyileştirilmesini mümkün kılar. Bunu sağlamak için hem yapısal analizi inceleyen deneysel yöntemler hem de bilişimsel yaklaşımlar kullanılarak moleküler yapılarından yola çıkarak aday ilaçlar belirlenir.